16日19時59分，中國航天員科研訓練中心主任陳善廣與兩位航天員通話。陳善廣說：“這幾天，我們收到全國各界群眾和世界各地同胞的來電，向你們表達親切的問候和祝愿，期盼你們平安歸來。”“感謝全國人民，感謝臺灣同胞、港澳同胞、海外僑胞對我們的關心和厚愛。”聶海勝雄渾的聲音，從距離地面343公里的太空傳來。
17日凌晨，位于內蒙古四子王旗阿木古朗牧場的主著陸場星光燦爛。這是一段令人焦急的時光，飛船在航行了325萬公里之后，正沿著既定的返回軌跡，飛向祖國的懷抱。
4時08分，喀什測控站發現目標，飛船飛入祖國上空。一朵“彩云”出現在廣闊的草原上，在1200平方米的主降落傘牽引下，飛船緩緩向預定著陸點飄落。飛船距離地面1米時，反推發動機精確點火。返回艙的速度由8米每秒迅速下降到1米每秒，如同一片羽毛，輕輕地落在草原上。4時33分，飛船返回艙著陸，航天員報告身體感覺良好。
北京飛行控制中心里掌聲四起。費俊龍的父親費長寶由衷地贊嘆：“祖國真偉大！”
5時38分，身著航天服的費俊龍自主出艙，聶海勝隨后走出，揮動鮮花向搜救人員致意，歡呼聲驚醒了草原的黎明。
這一刻，距離神舟六號發射115個小時又32分鐘；距楊利偉完成中國首次載人航天飛行后順利返回兩年又22個小時；距離中國載人航天工程啟動13年又26天。
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神六在我國航天史上創下的諸多“第一”
第一次多人太空飛行
神舟六號此次出征搭乘兩名航天員。
第一次多天飛行
費俊龍、聶海勝目前是中國日行最遠、在太空中生活時間最長的人。
第一次在太空穿脫壓力服
太空旅行第一天，航天員第一次“解放”了自己。
第一次進入軌道艙
兩名航天員第一次從返回艙進入軌道艙。
第一次細胞搭載實驗
10月16日上午，航天員在軌道艙進行了我國首次細胞搭載實驗。
第一次吃熱食和復水食品
航天員的太空食譜有50多種，都是真空包裝，航天員可以通過加熱、注水吃上新鮮的食品。
第一次用太空馬桶
由于神六要在太空旅行多天，神六上裝備了特制的太空馬桶。
第一次自測血壓
費俊龍從衣服的“胳膊包”里取出了特制血壓計，自行測量了一下血壓，一切正常。
第一次“在軌干擾力”試驗
“在軌干擾力”試驗包括開關艙門、穿脫壓力服、穿艙、抽取冷凝水四大項。完成之后,航天員可自由進行類似幅度動作。
第一個太空生日
聶海勝在億萬人的祝福下，以奇妙的太空生活度過了他的41歲生日。
第一次在太空刮胡子
費俊龍先給胡須涂上了特殊的剃須膏，然后拿著剃須刀開始刮。刮完以后，費俊龍對著鏡子露出很滿意的神情。
第一個太空前空翻
費俊龍在艙內連做了4個前翻滾，用時約3分鐘。以飛船飛行速度計算，費俊龍一個“筋斗”就飛了約351公里。
第一次有人參與空間實驗
神舟六號上進行的實驗是中國第一次有人參與的空間科學實驗。人的參與將使空間科學試驗實現質的飛躍。
第一次改進座椅著陸緩沖功能
神舟六號第一次改進了座椅的著陸緩沖功能，不僅保護了航天員，還能讓航天員在返回途中座椅提升時仍然可以看到舷窗外的情況。
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