神舟六號航天員13日先后進行了開關艙門、穿脫壓力服、穿艙、抽取冷凝水四大項“在軌干擾力”試驗，結果表明航天員較大幅度動作對飛船姿態影響微小，飛船姿態保持良好，姿態控制發動機不需要啟動。從此，航天員可自由進行類似幅度動作。

凌晨4時16分，飛船飛行第13圈，在地面指導下，結束了7小時8分鐘休息的費俊龍，從軌道艙進入返回艙，將兩艙之間的艙門關閉，六七分鐘后重新打開。艙門在太空中關閉密封和快速檢漏得到驗證，完全正常。

一個多小時后，航天員費俊龍在返回艙內，在規定時間進行了穿脫壓力服試驗。

14時25分，第20圈，在遠望二號測控弧段內，費俊龍從坐椅上起身，拉著扶手、助力繩，頭先腳后飄入軌道艙，隨后以原來姿勢飄回返回艙。聶海勝則從軌道艙到返回艙進行了兩次類似動作。航天員在太空中穿艙時，就像魚兒在水中輕輕游動。3次穿艙試驗順利完成。此前航天員因工作生活需要，曾兩次十分緩慢地在兩艙之間穿行，但這兩次不算正式試驗。

17時10分許，軌道艙內的航天員4分鐘內連續按動抽取冷凝水開關約百次，地面人員監控了這一切。正常情況下根據艙內濕度變化情況，航天員每隔3小時抽取一次冷凝水。

四項試驗取得了基本相同的結果，飛船只有微小擺動，姿態保持正常，姿態控制發動機不需要點火，“在軌干擾力”試驗獲得成功。飛船系統總體副主任設計師張書庭介紹，這標志著飛船能夠承受航天員艙內活動的擾動，以后就不需要再安排類似試驗。

試驗結果讓航天員敢于在太空中做一些幅度較大動作，記者從北京飛控中心大屏幕上看到，費俊龍在穿艙試驗后，曾輕松地在返回艙的兩個舷窗間較快地飄來飄去，拿著照相機以不同角度拍攝美麗的地球。他的這個動作在神舟五號飛行時是絕對禁止的。

兩名航天員能夠在太空成功完成上述一系列重要的空間科學實驗，有賴于他們良好的身體狀況作基礎。在飛控大廳醫監臺上的李勇枝博士介紹說：“從昨天9時上天到現在，兩位航天員已經完成了4次進餐，每個人都休息了一次。他們的精神狀態非常好，血壓、脈搏等各項生理指標正常，反應敏捷，沒有出現任何空間運動病的反應�！�

費俊龍于凌晨4時16分結束了大約7小時8分鐘的睡眠；13時05分，聶海勝結束7個多小時的睡眠，兩位航天員休息后還分別進入軌道艙進行了其他科學實驗。航天員和地面科技人員對各項實驗獲取的數據作了詳細記錄。